测定微生物数量的常用方法有血细胞计数法，稀释涂布平板法，滤膜法，比浊法，显微镜直接计数法。

血细胞计数法是将稀释的菌液样品滴在血细胞计数板上，在显微镜下计算4~5个中格的细菌数，并求出每个小格所含细菌的平均数，再以此为依据，估算总菌数。

稀释涂布平板法原理：每个活细菌在适宜的培养基和良好的生长条件下可以通过生长形成菌落，培养基表面生长的一个菌落，来源于样品稀释液中的一个活菌。

滤膜法是当样品中菌数很低时，可将一定体积的湖水、海水或饮用水灯样品通过膜过滤器，然后将滤膜干燥、染色，并经处理使膜透明，再在显微镜下计算膜上（或一定面积上）的细菌数。