录取方式上的区别：国家专项计划和地方专项计划：不需要单独报名和递交其它材料，高考成绩下发后，单独设置志愿填报及录取批次，省招办单独划线，单独录取。高校专项计划：需要在“阳光高考”平台里单独报名，并提交相应的纸质材料，经过该校专家审核后，到该校参加笔试和面视（有的学校不需要笔试和面试），合格后享受该校一定的录取分数照顾。

录取层次上的区别：国家专项计划有一本及二本院校层次录取，在高考录取过程中二本分数也可以通过国家专项计划中未完成招生计划的一本院校在二本控制线上征集志愿，进而录取到一本院校。高校专项计划录取的学生必须是一本线以上的学生。