1、不是所有的马桶都适用智能马桶盖。目前主流智能马桶盖产品均面向圆弧形马桶，而与方形马桶配套的盖板比较罕见。其次，智能马桶盖对水箱到便座前端距离、安装孔间距离等具有限制。若马桶的尺寸超出允许范围，则无法安装智能马桶盖，这意味着要么更换马桶、要么无法使用。

2、维修费用高昂。智能马桶盖的电路具有较高的科技含量，因此前期一次性投入成本较高。若是智能马桶超出了保修期，一旦出现问题测意味着消费者要自费进行修理。如果产品需要更换核心部件，也意味着一笔不菲的支出。

3、老人、儿童难操作。智能马桶的操作面板比较复杂，对于老人和儿童增加了造作难度。如果误造作，也许无法顺利达到喷水、加热、除臭等效果，甚至还可能造成产品本身电路故障。